Hombre, no es algo exclusivo de la 3DS. Los gráficos 3D conlleva el renderizado de cada imagen dos veces, una para cada ojo. Aunque no llega al doble de trabajo pues muchos cálculos son comunes para ambas imágenes, si que conlleva un cálculo mucho mayor.
Supongo que se podría implementar la posibilidad de suprimir esta característica para los programadores que así lo deseen, sin embargo, no lo veo muy factible, pues seguramente será más impresionante un juego de menos calidad gráfica con 3D que uno con mejores efectos y sin esta característica, y más viendo que aún con 3D se están mostrando unos gráficos muy a la altura.